Untuk mengenal Divisi Alergi Imunologi Klinik FKUI-RSCM maka perlu mengetahui sejarahnya. Sejarah terkait pembentukan Divisi Alergi Imunologi Klinik FKUI-RSCM ini selalu beririsan dengan peran besar dari Prof. Dr. dr. Karnen Garna Baratawidjaja, SpPD-KAI. Beliau lah yang mengemban tugas dari Bagian Ilmu Penyakit Dalam pada masa itu untuk membangun Divisi Alergi Imunologi. 

Prof. Karnen memulai langkahnya untuk mengembangkan Divisi Alergi Imunologi dengan berdiskusi bersama Prof. Aryatmo (Ahli Imunologi yang baru kembali ke Indonesia dari Bangkok setelah mendapatkan gelar PhD di bidang Imunologi) serta Prof. Siti Budina dari Bagian Ilmu Patologi Klinik. Akhirnya terbentuklah Badan Kerja Sama Alergi-Imunologi FKUI yang diketuai oleh Prof. Karnen, wakil ketua Prof. Aryatmo, Prof Siti Budina sebagai sekretaris serta Prof. Santosos Cornain. 

Badan Kerja Sama ini berada di bawah Dekan FKUI yang bekerja untuk menyelenggarakan berbagai aktivitas lintas sektoral seperti menyelenggarakan Kursus Imunologi sampai mendatangkan ahli Alergi dan Imunologi untuk menjadi pembicara tamu setiap tahunnya. 

Badan Kerja Sama ini yang menjadi cikal bakal terbentuknya Divisi Alergi Imunologi Klinik di Ilmu Penyakit Dalam serta kemudian berkembang ke berbagai Departemen lain.